Il mattino del 29 Agosto 1953, in una modesta abitazione di Via degli Orti, accade un evento miracoloso per la storia della Chiesa, infatti, da un piccolo quadro di gesso, raffigurante il volto della Vergine Maria, collocato al capezzale di due coniugi siracusani, sgorgano lacrime.

Il prodigio si ripete dal 29 Agosto al 1° Settembre, tra lo stupore e la profonda commozione di un’immensa moltitudine di fedeli, che accorreva per assistere all’evento miracoloso della lacrimazione della Madonna.

Le lacrime furono raccolte e sottoposte ad analisi ed accertamenti medico-scientifici di una commissione, nominata dalla Curia Arcivescovile di Siracusa ed il responso finale fu:
Sono lacrime umane.

Il Santuario, eretto in Suo onore, ha una struttura a forma conica ed è alto 80 m.

Il Santuario, a pianta circolare, dal diametro esterno di 80 m., comprende la Chiesa Inferiore o Cripta, sulla quale è realizzata la Chiesa Superiore.

I lavori della Cripta, iniziati nel 1966, furono ultimati il 28.Agosto 1968, giorno dell’inaugurazione.

Nelle navate laterali della Cripta, vi sono 8 cappelle, con rappresentazioni, realizzate in mosaico, dedicate rispettivamente a S.Lucia, a S.Agata, a S.Corrado, ai SS.Pietro e Paolo, al Crocifisso, alla S. Famiglia, a S. Francesco ed al Santissimo Sacramento.

I lavori di costruzione della Chiesa Superiore ebbero inizio, invece, nel 1987 ed ultimati nel 1994.

Essa è realizzata con 22 costoloni inclinati, in cemento armato, alti 74 m., disposti a raggiera e intramezzati da finestrature.

Al centro dell’immensa navata, che ha una capienza di 11.000 posti, è collocato l’altare maggiore, che accoglie il quadretto di gesso della Madonnina.

Sulla sommità della struttura è collocata una statua di bronzo della Madonna.

Nel Santuario è custodito il Reliquario, in cui sono contenuti alcuni preziosi ricordi del miracoloso prodigio della Lacrimazione.

Il 6 Novembre del 1994, la Chiesa Superiore è stata consacrata al culto dal Santo Padre: Papa Giovanni Paolo II°.

In seguito, il Santuario ha assunto la denominazione di: Basilica Madonna delle Lacrime.