Nel 636, Siracusa fu nuovamente capitale della Sicilia, ma questo non significò un miglioramento delle condizioni anzi, il nuovo imperatore Costante II fu autore d'innumerevoli scempi e di crudeli persecuzioni.

Cacciato Costante II, la Sicilia cadde in mano agli Arabi. L'assedio durò molti mesi e le incredibili sofferenze e privazioni dei difensori furono ricordate in una dettagliata lettera, oggi documento storico di grande valore, di uno dei sopravvissuti: il monaco Teodosio. Il porto della città divenne allora uno dei più frequentati del mediterraneo e il commercio visse un'età aurea. Tuttavia oggi non rimangono tracce del passaggio islamico a Siracusa, se si esclude qualche reperto archeologico custodito nel museo Paolo Orsi.

Dai Normanni agli Spagnoli: i palazzi e le fortificazioni.

I Normanni, succeduti agli Arabi intorno al 1090, diedero un nuovo impulso all'edilizia sacra, restituendo al culto cristiano le chiese che i mussulmani avevano stravolto e abbattendo le moschee che nel frattempo erano state edificate. Anche le chiese di S. Giovanni Evangelista e quella di S. Lucia al Sepolcro, sorte sotto la dominazione bizantina e devastate dagli arabi, furono ripristinate per il culto.

Gli Svevi con Federico II, subentrati un secolo dopo ai Normanni, si dedicarono all'opera di fortificazione di Siracusa. Edificato dai bizantini, il Castello Maniace, fu modificato a fortezza quale baluardo a difesa dell'accesso al Porto Grande e a residenza reale. Ancor oggi è splendente dopo il restauro e fa la sua bella figura sulla punta estrema dell'isola d'Ortigia.

Con la dinastia degli Aragonesi, di provenienza spagnola, si edificarono alcuni dei palazzi nobiliari più belli e rappresentativi di Siracusa, tra cui il Palazzo Montalto, splendido simbolo dell'architettura trecentesca e il Palazzo della Camera Reginale, vicino Piazza Archimede, in Ortigia, di cui oggi rimane solo un affascinante portale gotico. Qui ebbe sede prima la Camera Reginale e poi il Senato. Nel XVII secolo, il Senato fu spostato nella piazza del Duomo, in un palazzo costruito dall'architetto Vermexio, siracusano d'origini spagnole. Il palazzo ( che porta come firma dell'architetto una piccola lucertola posta sul cornicione, in alto a sinistra) è tuttora integro nella sua magnificenza barocca ed è sede del Municipio siracusano. In esso si può ammirare la splendida "carrozza del Senato". La città, designata capitale, difese le coste meridionali del Regno d'Aragona dagli attacchi esterni. Per questo ruolo fu dichiarata "piazza d'armi", costringendo i suoi abitanti a trasferirsi nelle zone limitrofe.